Contabilidad para médicos autónomos: obligaciones fiscales y herramientas [2026]

Has estudiado durante años para ser médico, psicólogo o fisioterapeuta. En ningún momento de la carrera te enseñaron a presentar el modelo 130, a calcular retenciones de IRPF o a distinguir qué servicios están exentos de IVA y cuáles no. Y sin embargo, desde el día que te das de alta como autónomo, Hacienda espera que lo sepas todo.

El resultado: muchos profesionales de la salud pagan de más (por no deducir gastos legítimos), presentan modelos con errores (por desconocimiento) o directamente delegan todo en un gestor sin entender qué está haciendo. Las tres opciones son mejorables.

Esta guía no pretende sustituir a tu asesor fiscal, sino darte el conocimiento base para tomar decisiones informadas, hacer las preguntas correctas a tu gestor y detectar si te está dejando dinero sobre la mesa.

Tus obligaciones fiscales como profesional sanitario autónomo

Cuando te das de alta como autónomo sanitario (modelo 036/037), adquieres estas obligaciones:

1. Emitir factura por todos tus servicios profesionales.
2. Llevar libros de registro de ingresos y gastos (libro de registro de facturas emitidas y recibidas).
3. Presentar declaraciones trimestrales de IVA (si realizas actividades sujetas) e IRPF.
4. Presentar declaraciones anuales (Renta, resúmenes anuales de IVA e IRPF).
5. Conservar facturas y justificantes durante al menos 4 años (plazo de prescripción fiscal).
6. Facturar electrónicamente desde 2026 (sistema VeriFactu).

Todo esto se puede automatizar en gran medida con las herramientas adecuadas. Pero primero, entendamos los conceptos clave.

IVA en servicios sanitarios: qué está exento y qué no

El artículo 20.1.3 de la Ley del IVA establece que están exentos de IVA los servicios de asistencia sanitaria prestados por profesionales de la salud. Pero no todo lo que haces en tu consulta es «asistencia sanitaria» a efectos fiscales.

Servicios EXENTOS de IVA

• Consultas de diagnóstico y tratamiento (medicina, psicología, fisioterapia, odontología, etc.).
• Cirugías y procedimientos clínicos.
• Rehabilitación y terapia.
• Prescripción y seguimiento de tratamientos.
• Informes médicos relacionados con la asistencia sanitaria del paciente.
• Servicios de prevención (vacunaciones, revisiones preventivas).

Servicios SUJETOS a IVA (21%)

• Informes periciales para tribunales, compañías de seguros o procesos judiciales.
• Certificados médicos no vinculados a asistencia sanitaria (certificados para carnet de conducir, aptitud deportiva, uso de armas).
• Cirugía estética sin finalidad terapéutica (puramente cosmética).
• Formación y docencia (cursos, talleres, mentoring a otros profesionales).
• Venta de productos (complementos alimenticios, productos de ortopedia, cosmética).

Implicación práctica: prorrata de IVA

Si tienes actividades mixtas, el IVA soportado (el que pagas en tus compras) solo es deducible en la proporción correspondiente a las actividades sujetas. Si el 90% de tus ingresos están exentos y el 10% sujetos, solo puedes deducir el 10% del IVA de tus compras. Esto se llama prorrata de IVA y es una de las razones por las que muchos sanitarios «pierden» IVA que podrían recuperar si tuvieran la contabilidad bien configurada.

IRPF: retenciones, pagos fraccionados y declaración anual

Como profesional autónomo en estimación directa (el régimen más habitual), el IRPF se gestiona así:

Retenciones en facturas a empresas y profesionales

Cuando facturas a una empresa o a otro profesional (ej: informe pericial para un bufete, colaboración con una clínica), la factura debe incluir una retención del 15% de IRPF (7% los tres primeros años como autónomo). El pagador ingresa esa retención en Hacienda en tu nombre — es un anticipo de tu IRPF anual.

Cuando facturas directamente a pacientes (persona física no profesional), no aplicas retención. El paciente te paga el 100%.

Pagos fraccionados trimestrales (Modelo 130)

Si más del 70% de tus ingresos no llevan retención (es decir, facturas mayoritariamente a pacientes particulares), estás obligado a presentar el modelo 130 cada trimestre. Consiste en pagar un 20% del beneficio acumulado (ingresos - gastos) del año, descontando lo ya pagado en trimestres anteriores y las retenciones practicadas.

Si más del 70% de tus ingresos ya llevan retención, no estás obligado a presentar el modelo 130 — tus clientes ya están adelantando tu IRPF.

Declaración anual de la Renta

En mayo-junio presentas la declaración de la Renta como cualquier contribuyente. Tus rendimientos de actividad económica se suman al resto de rentas (nómina si la tienes, alquileres, etc.) y se aplica la tarifa progresiva del IRPF. Las retenciones y pagos fraccionados ya realizados se descuentan de la cuota final.

Calendario de modelos trimestrales

Modelos anuales (enero-febrero)

• Modelo 390: resumen anual de IVA (si presentas 303).
• Modelo 190: resumen anual de retenciones de IRPF (si presentas 111).
• Modelo 180: resumen anual de retenciones de alquiler (si presentas 115).
• Modelo 347: declaración de operaciones con terceros superiores a 3.005,06 EUR anuales.

Gastos deducibles en una consulta médica

Para que un gasto sea deducible necesita cumplir tres condiciones: estar vinculado a la actividad profesional, estar justificado con factura a tu nombre y NIF, y estar registrado en tu contabilidad.

Gastos 100% deducibles

• Alquiler de la consulta (si es uso exclusivo profesional).
• Cuotas de autónomos a la Seguridad Social.
• Cuota del Colegio profesional.
• Seguro de responsabilidad civil — imprescindible según nuestra guía de seguros para médicos autónomos.
• Material sanitario y fungible (guantes, mascarillas, material de cura, etc.).
• Software médico: la cuota mensual de tu software de gestión clínica.
• Formación continuada: cursos, másteres, congresos, libros técnicos.
• Amortización de equipamiento: mobiliario clínico, equipos médicos, ordenadores (según tablas de amortización de Hacienda).
• Gestoría/asesoría fiscal.
• Publicidad y marketing: web profesional, SEO local, Google Ads.

Gastos parcialmente deducibles

• Suministros (si la consulta está en tu domicilio): deducible el 30% de la proporción de metros dedicados a la actividad. Ejemplo: si la consulta ocupa el 20% de la vivienda, deduces el 30% del 20% = 6% de los suministros.
• Vehículo: solo deducible al 50% en IRPF, y solo si lo usas para desplazamientos profesionales documentados (visitas domiciliarias, desplazamientos entre sedes). Los trayectos casa-consulta no son deducibles.
• Teléfono móvil e internet: proporción de uso profesional (normalmente 50-70%, debe ser justificable).
• Comidas de trabajo: deducibles hasta 26,67 EUR/día (48,08 EUR en el extranjero) si son con clientes o en desplazamiento profesional, pagadas con tarjeta.

Facturación electrónica obligatoria (VeriFactu)

Desde 2026, los autónomos deben emitir facturas electrónicas a través de sistemas que cumplan el reglamento VeriFactu (verificación de facturación). Esto afecta directamente a tu consulta:

• Tu software de facturación debe generar un registro de facturación con hash encadenado (cada factura está vinculada criptográficamente a la anterior, impidiendo alteraciones).
• Los registros deben poder enviarse a la Agencia Tributaria en tiempo real o estar disponibles bajo requerimiento.
• Prohibido usar hojas de cálculo o documentos Word como sistema de facturación.

Si ya usas un software de facturación actualizado, probablemente ya cumple VeriFactu. Si facturabas con Excel o plantillas de Word, necesitas migrar a un software homologado.

Software de facturación compatible con VeriFactu

• Holded (desde 12 EUR/mes): contabilidad + facturación + banco, con módulo VeriFactu.
• Quipu (desde 15 EUR/mes): escaneo de gastos con el móvil, conciliación bancaria.
• Billin (desde 0 EUR/mes con plan básico): facturación electrónica sencilla.
• Debitoor/SumUp Invoices (desde 7 EUR/mes): facturación simple y rápida.
• Tu software de gestión clínica: muchos (CLINIC CLOUD, Nubimed, Doctoralia) incluyen módulo de facturación compatible.

Herramientas de contabilidad para autónomos sanitarios

Más allá de la facturación, estas herramientas te ayudan a llevar la contabilidad de tu consulta:

Nuestra recomendación para la mayoría de profesionales sanitarios: Holded o Quipu + tu gestor. Tú registras facturas e ingresos desde el móvil (foto del ticket, conciliación bancaria) y tu gestor se encarga de las presentaciones trimestrales y anuales con los datos ya organizados.

Si buscas más herramientas gratuitas para tu consulta, revisa nuestra guía de herramientas gratuitas para médicos autónomos.

Errores fiscales que cometen los profesionales de la salud

1. No deducir la cuota de autónomos: la cuota mensual de la Seguridad Social es un gasto deducible en IRPF. Un error sorprendentemente frecuente.
2. Considerar todo exento de IVA: los informes periciales, certificados médicos no asistenciales y la cirugía estética tributan al 21%. Si los facturas sin IVA, estás incumpliendo y la regularización será con recargo.
3. No llevar libro de gastos: muchos autónomos sanitarios llevan un control riguroso de sus ingresos pero no registran sus gastos. Resultado: pagan más IRPF del necesario.
4. Olvidar las amortizaciones: ese ecógrafo de 15.000 EUR, el sillón dental de 8.000 EUR o los ordenadores se amortizan cada año. Si no los amortizas, estás pagando impuestos de más.
5. Pagar la consulta en efectivo sin pedir factura: si compras material sanitario en efectivo y no pides factura con tu NIF, no puedes deducirlo. Siempre factura, siempre tarjeta (o transferencia).
6. No declarar los ingresos del seguro: si trabajas con aseguradoras privadas (Adeslas, Sanitas, Asisa), los pagos que recibes de la aseguradora son ingresos profesionales declarables.
7. Mezclar cuentas personales y profesionales: no es obligatorio tener una cuenta bancaria separada, pero es altamente recomendable. Facilita la conciliación, reduce errores y simplifica la vida de tu gestor.

¿Gestor o contabilidad propia? Análisis honesto

Nuestra recomendación: contrata un gestor o asesoría que tenga experiencia con autónomos sanitarios (la exención de IVA, la prorrata y las actividades mixtas requieren conocimiento específico). Usa una herramienta como Holded o Quipu para registrar tus gastos al momento (foto del ticket) y deja que el gestor se encargue de los modelos trimestrales y anuales.

El coste mensual de un gestor (80-150 EUR) se paga con creces en tranquilidad, ahorro fiscal por deducciones que tú no conocerías y tiempo que puedes dedicar a atender pacientes. Es un gasto profesional 100% deducible.

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